El servicio de sincronización horaria de RedIRIS se encarga de poner en hora todos los equipos conectados a la red, lo que facilita la ejecución de ciertas aplicaciones, garantiza la correcta medida del rendimiento de los parámetros de calidad en la red, la gestión de incidencias, etc.
Para asegurar la máxima precisión en la sincronización de todos los equipos se utiliza el protocolo NTP (Network Time Protocol) desde la estación horaria (hora.rediris.es) sincronizado con receptores GPS y con los patrones del Real Observatorio de la Armada (ROA).